第十三部:《漆黑的追蹤者》(2009)
出梅時分。在東京、神奈川、靜岡、長野發生了6起殺人事件。因為被害者身邊總是留有謎一般的麻將牌,所以被認定為同一犯人或有組織的大范圍連續殺人事件。“為了警察的威信,必須阻止再繼續犯罪。扔掉領地意識和功名心,大家一起協力進行搜查吧!”在松本警視的號令下,目暮警部等各縣管轄的刑警們立刻集合起來召開搜查會議,偵探小五郎也將協助他們。被收集來的謎團困擾著,會議暫時結束,這時,柯南發現從會議中走出的一名刑警進入了黑色保時捷。“那輛車……莫非,是琴酒!”黑衣組織中的一人,喬裝成刑警潛入了會議。是乘坐琴酒的保時捷逃走的。究竟,連續殺人事件是黑衣組織的行動嗎?擾亂調查的基安蒂和科恩。追趕嫌疑犯的貝爾摩得。計劃暗殺重要人物的琴酒和伏特加。還有神秘的人物——愛爾蘭。案件調查在進行的同時,有人闖入了留下了柯南和新一行蹤帝丹小學和帝丹高中。柯南知道組織的影子正在接近自己的時候,第7起殺人案發生了!
第十四部:《天空的遇難船》(2010)
神秘的武裝集團,從國立微生物研究所搶奪了可怕的細菌。根據犯罪聲明,查明這是只瞄準財閥的恐怖集團“紅色暹羅貓”干的勾當。預告中說,7天后他們會再次出現。另一邊,鈴木財閥的顧問鈴木次郎吉終于完成了世界最大的飛行船“鈴木一世號”。這是為了抓住視為對手的怪盜基德而設計的一大項目。“7天后,在從東京出發前往大阪的‘鈴木一世號’中,試著偷出一把巨寶石‘天空的貴婦人’吧。”對于次郎吉的挑戰,基德大膽地告知“到達大阪上空后再偷”。以天空為舞臺的這場對決備受世人矚目!除了中森警部和次郎吉招待的小五郎、小蘭、柯南、少年偵探團等人之外,還乘坐了獨家采訪陣容。距離基德出現的大阪上空約6小時。大型直升機突然接近從熱帶樂園起飛、穿過東京灣在太平洋上空飛行的“鈴木一世號”!由于入侵的武裝集團“紅色暹羅貓”,飛行船很快就被劫持了。占領了飛行船的“紅色暹羅貓”在船內各處設置了炸彈并撒上了細菌!雖說用氦在空中飛行的飛行船是相當安全的交通工具,但是如果爆炸的話,乘務員將全部喪命。而且,如果細菌在飛艇到達地大阪上空飛散的話,關西圈將有1000萬人的生命受到威脅!席卷全日本的劇場型劫機事件!關西圈一帶陷入了大恐慌!接連感染細菌的船員們……“紅色暹羅貓”的目的究竟是什么?柯南在飛船中“探險”,所以沒有被恐怖分子發現。在少年偵探團的協助下,柯南逐個拆除炸彈,開始對恐怖分子的反擊!另一邊,蘭偶然間知道了基德在船內。“基德的真面目是新一嗎?之所以忙于調查,是因為在偷東西嗎?”被基德出人意料的言行所困擾的蘭,也終于被細菌感染了!
第十五部:《沉默的15分鐘》(2011)
“針對你這4年傲慢無禮的執政期,在此施下天誅的警告!”一封謎一般的恐嚇信突然寄到了朝倉都知事手中。次日在知事親臨剪彩現場的新地鐵隧道中發生了爆炸!千鈞一發之際,多虧了得知恐嚇信之事的柯南,才避免了人員傷亡,但未能取知事性命的犯人恐怕不會就此罷手,而制造更大的災難。柯南調查了這位朝倉知事的經歷后,推測在其出任國土交通大臣期間建造水壩的相關者中有人仍懷恨在心,便從這方面入手開始搜查。五年前為了建造水壩,新潟縣的北之澤村被沉入了湖底,村民們在附近重建了家園繼續生活。在重建五周年的紀念活動上,人們又紛紛聚集到了一起。犯人果真會在他們之中嗎?柯南在調查過程中,偶遇了五名男女,他們是時隔八年才重新聚首的兒時玩伴……八年前交通死亡事故的陰影,對建設水壩的不滿,至今仍讓嫉妒與怨恨在他們的心中糾結不清。緊接著,在那場交通事故同日,在去看天鵝的途中不慎墜入懸崖的“少年”冬馬在昏迷了八年之后終于睜開了眼睛!隨著冬馬關于事故當日的記憶逐漸恢復,危險也步步逼來。果然在兒時玩伴的五人中,一人已命喪黃泉!黑影也在逐漸逼近少年偵探團!冬馬當年究竟看到了什么?留在他記憶里的真相究竟是怎樣的?地鐵爆炸犯的下一個目標又將是什么?大規模的災難向這個水壩邊的小鎮襲來!回響在雪原上的蘭的呼喊。究竟,那個聲音能傳遞給新一嗎?“絕對要活下去……”